O chakra comum é mostrado de duas formas diferentes na série – no mangá, é dito como tendo cor amarela; no anime, esse tipo de chakra é sempre mostrado como azul claro. Qualquer ninja é capaz de produzir esse tipo de energia, mas a quantidade presente em cada ser humano varia. {spoiler} Por exemplo, Hatake Kakashi afirma que Uzumaki Naruto tem uma reserva de chakra três vezes maior do que a dele, mesmo sem contar com a Kyuubi. {spoiler}

Os ninjas que ativaram o selo amaldiçoado de Orochimaru passam a usar um chakra roxo em vez do normal. O próprio Orochimaru também usa chakra dessa cor.

O jutsu médico que os medinins mais utilizam para curar é o Shousen no Jutsu – ao utilizar esse jutsu, o chakra do ninja adquire uma tonalidade verde claro. Basicamente, os tipos de ferimentos que os ninjas médicos podem curar depende da habilidade de cada um.

Quando Uzumaki Naruto passa a usar as reservas de chakra da Kyuubi, ou quando ele se descontrola emocionalmente e permite que o bijuu influencie seu corpo. Um chakra vermelho-alaranjado emerge do corpo do jinchuuriki, envolvendo-o como um tipo de armadura ou pele. Esse chakra tem vontade própria (que seria, no caso, as reações da própria Kyuubi) e protege o usuário da maioria dos ataques externos, mas é bastante nocivo ao corpo de Naruto – fica constantemente dilacerando as células, que logo em seguida são regeneradas, o que acelera o envelhecimento celular.
Além disso, à medida que o poder do bijuu é liberado, caudas passam a brotar. Quanto mais caudas, mais espessa fica a camada de chakra, e mais violento e inconsciente das próprias ações fica o jinchuuriki. No estágio das quatro caudas – que foi o máximo mostrado até agora – o poder é tão grande que destrói a pele do rapaz. O sangue se mistura com o chakra e cobre todo o corpo de Naruto, tornando-o uma versão da Kyuubi em miniatura. Nessa situação, Naruto perde noção de si mesmo e ataca aliados e inimigos indiscriminadamente.

Ao utilizar o tanto (uma espada curta que ele carrega nas costas), que é herança de família, Hatake Kakashi (e também seu pai, Hatake Sakumo) deixam um rastro de chakra branco oriundo da lâmina.

Exclusivo do anime. Em Hoshigakure no Sato (Vila Oculta da Estrela), o treinamento shinobi inclui meditar em torno do meteoro que dá nome à vila. Ninjas que passam por esse processo adquirem um chakra especial lilás – que é o próprio chakra comum dos usuários transformado pelo meteoro. Inicialmente, esse chakra toma a forma de “penas” nas costas do shinobi, lembrando um pavão. Essas penas podem ser moldadas em outras formas, com a prática.
Apesar de esse chakra tornar possível realizar os jutsus especiais de Hoshigakure, o treinamento com o meteoro danifica bastante o corpo e diminui a expectativa de vida. Nem todos os shinobis da vila suportaram esse processo.